1943年，国内抗日高潮迭起 ，久居国外的吴英恺深深感到不安
，他热切盼望着回国参加抗日事业，他对热情挽留他的导师葛兰姆教授说：“我很感激您的好意 ，但是当自己的国家遭受别国侵略的时刻
，国内迫切需要像我这样的人；我又怎么能久居国外？”就在这一年的八月，吴英恺启程回国 ，并且带回了许多著名专家赠送给他的论文单行本
，还有美国医药援华会资助1500美金购买的医疗设备及手术器械。

在航行途中有过这样一个小插曲：有一个船上的美国人指着他们说：“没有我们美国的支持，中国很快就要被日本灭亡了 ” ，吴英恺十分气愤地当场驳斥：“谢谢你们美国人，你们还是把珍珠港保护好吧
，中国人自己会救中国，不要别人的恩赐 。
”许多年以后这个场面他还记忆犹新
。

抗战结束后 ，吴英恺回到了北方。1946年
，他在天津中央医院建立胸外科，在这里 ，他完成了我国首例慢性心包炎切除术 。1948年5月
，吴英恺重新回到协和
。51年协和被新中国政府接管，吴英恺成为协和医院第一位由中国人担任
、并且是最年轻的外科主任。 吴英恺一生创建过三家医院：解放军胸科医院 ，阜外医院和安贞医院 。

1956年
，吴英恺主持创办了全军，也是全国第一所胸科医院 ，半年之后
，医院的改组和建设就基本成型了。1958年8月，胸科医院转入由协和医学院改组成的中国医学科学院 ，和一所正在筹备中的医院合并成阜外医院，吴英恺担任院长
。 在阜外医院工作期间
，吴英恺组织了北京、河北 、河南
、山东、山西四省一市的食管癌科研大协作。当时随他一起去到各地普查治疗的阜外医院病理科研究员吴遐讲到了当时的情况 。

吴老曾经在59年 、64年和79年